Зимина Анастасия Алексеевна (Стажер-исследователь кафедры биологии и общей генетики
ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет)
)
Гринев Александр Борисович (Кандидат биологических наук, доцент кафедры биологии и общей генетики
ФГАОУ ВО Первый МГМУ им. И.М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет)
)
| |
В данной работе представлен комплексный анализ артефактов секвенирования, возникающих при использовании технологии Oxford Nanopore Technology (ONT), на примере ошибочного обнаружения свободноживущей амёбы Naegleria fowleri в образцах крови пациентов с малярией (Plasmodium falciparum). Во всех четырёх исследованных образцах были идентифицированы последовательности, демонстрирующие практически 100% идентичность с геномом N. fowleri по данным BLAST-анализа. Однако последующая многоуровневая верификация, включающая филогенетический анализ, предсказание открытых рамок считывания (ORF) и моделирование трёхмерной структуры белков с использованием AlphaFold3, позволила установить артефактную природу этих находок. Полученные результаты подчёркивают критическую важность комплексной валидации данных ONT в клинических исследованиях, где ложноположительные результаты могут привести к серьёзным диагностическим ошибкам. Особое внимание уделено анализу возможных источников артефактов, включая систематические ошибки секвенирования, особенности биоинформатической обработки данных и проблемы референсных баз.
Ключевые слова:Oxford Nanopore Technology, артефакты секвенирования, Naegleria fowleri, биоинформатический анализ, ложноположительные результаты, первичный амёбный менингоэнцефалит, AlphaFold3, BLAST-анализ.
|
|
| |
|
Читать полный текст статьи …
|
Ссылка для цитирования:
Зимина А. А., Гринев А. Б. АРТЕФАКТЫ СЕКВЕНИРОВАНИЯ В ДАННЫХ OXFORD NANOPORE TECHNOLOGY: ЛОЖНОПОЛОЖИТЕЛЬНОЕ ОБНАРУЖЕНИЕ NAEGLERIA FOWLERI И ЕГО БИОИНФОРМАТИЧЕСКАЯ ВЕРИФИКАЦИЯ // Современная наука: актуальные проблемы теории и практики. Серия: Естественные и Технические Науки. -2025. -№06/2. -С. 29-32 DOI 10.37882/2223-2966.2025.06-2.12 |
|
|
ПРАВОВАЯ
ИНФОРМАЦИЯ:
