Костенко Дмитрий Олегович (Аспирант, младший научный сотрудник
Национальный исследовательский
ядерный университет «МИФИ» (Москва),
Федеральный исследовательский центр
«Фундаментальные основы биотехнологии» РАН (Москва)
)
Коротков Евгений Вадимович (Доктор биологических наук, профессор
Национальный исследовательский
ядерный университет «МИФИ» (Москва),
Федеральный исследовательский центр
«Фундаментальные основы биотехнологии» РАН (Москва)
)
Короткова Мария Александровна (Кандидат технических наук, доцент
Национальный исследовательский
ядерный университет «МИФИ» (Москва)
)
| |
Одной из важнейших задач в биоинформатике является построение множественных выравниваний нуклеотидных и аминокислотных последовательностей. Ранее нами был предложен новый математический метод выравнивания сильно дивергированных последовательностей (MAHDS). В данной работе метод был адаптирован для выравнивания аминокислотных последовательностей с использованием информации о корреляциях соседних символов. На модельных аминокислотных последовательностях мы исследовали некоторые свойства метода, которые могут позволить выбирать наиболее подходящие параметры при его практическом применении. Представлены данные, позволяющие оценить эффективность и сходимость оптимизационной процедуры, максимизирующей функцию сходства последовательностей в выравнивании. Описаны свойства распределений показателей качества выравниваний на разных этапах MAHDS.
Ключевые слова:множественное выравнивание, динамическое программирование, оптимизация целевой функции, распределение
|
|
| |
|
Читать полный текст статьи …
|
Ссылка для цитирования:
Костенко Д. О., Коротков Е. В., Короткова М. А. СВОЙСТВА МЕТОДА MAHDS С УЧЁТОМ КОРРЕЛЯЦИЙ СИМВОЛОВ В КОНТЕКСТЕ ВЫРАВНИВАНИЯ АМИНОКИСЛОТНЫХ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙ // Современная наука: актуальные проблемы теории и практики. Серия: Естественные и Технические Науки. -2025. -№05/2. -С. 79-86 DOI 10.37882/2223-2966.2025.05-2.14 |
|
|
